L'espèce est très proche de Boraras brigittae et au moins dans certaines populations, les femelles de B. merah ressemblent à Boraras brigittae et seuls les mâles ont un motif typique de Boraras merah. Des expériences de croisement montrent également que les deux variétés sont extrêmement proches l'une de l'autre sur le plan génétique